往古は美濃土岐市に発する浅野源氏の玄孫家の菩提寺である。
安土桃山時代以降有名を馳せた赤穂藩の藩祖である浅野長政公の菩提寺となったのは一族玄孫家の菩提寺であったからである。
当寺に現存する浅野長政公の墓は、鳥取砂岩にて作られたもので親交の深さを感じる古刹である。
赤穂藩や芸州広島藩や伊予今治藩と親交を保ち現在の寺地を旧中山道に維持してきた。
貞永元年に親鸞聖人の（現在の岐阜市岐南町にてのご教化）み教えに出会い河野門徒の西方坊と名乗ったのが始まりである。
永享4年に現在の中山道円沿いに広大な寺地を得て、8代目宗主蓮如上人をお招きして寺号を西巌寺と賜り当地にての布教活動継続し現在に至る。