元は真言宗寺院で夜光寺と称しましたが日像聖人により日蓮宗に改宗し、その後中興開山の日達聖人によって大乗山薬王寺となりました。
江戸時代には、徳川家との縁が深く、寺紋にも「三葉葵」が使われたため、庶民の埋葬は許可されない格式の高い寺院でした。 江戸幕府三代将軍徳川家光公の弟、駿河大納言忠長公の供養塔があります。
本堂に奉安されている日蓮大聖人像は天保5年(1834年)、将軍家斉公の命によって造られた裸像で、本物の法衣袈裟をまとわれていて、毎年六月と十月に更衣式が行われます。