当山は、明治39年当地に軍港都市として新舞鶴町が出来たのを機に、同年4月本山妙伝寺64世遠明院日通上人の教化により開創され日宗会堂と称していた。
その後大正5年当時は、新寺の許可が許されなかった為、第三遠鏡院日治上人は、与謝郡岩滝村弓ノ木の恵林院を転移、大正6年寺号を日宗寺と改称した。
因みに恵林院は慶長2年(1597)乗円院日将上人が、京都本山妙伝寺内に建立されたもので、明治23年弓ノ木に転移したものである。