初代は、1400年後半京都御所の内部を警護していた武士であった。当時天皇に特に忠誠を尽くしたことを見止められ、山宮という姓を頂き、山宮左衛門尉基正と名乗った。

1515年後柏原天皇により永閑坊浄法と命名して頂き、信濃国水内郡赤塩郷へ帰り、寺を開基した。その後、3代目4代目は再び武士として上杉家に仕えた。
3代目基勝は、1575年大坂石山本願寺にて戦死をするが、4代目山宮藤左衛門基安は1600年関ヶ原の合戦後、上杉景勝に命じられ開拓者として越後へやってくる。
そして1623年基安は宣如上人のもと得度し、法名釋道安となり、今町永閑寺を開基した。

1867年三条地震により永閑寺は壊滅、1867年に永閑寺は再建されるが、翌年戊辰戦争の戦場となり焼失、1887年に永閑寺は再建される。
2004年中越地震により本堂が壊滅、しかし2011年本堂が再建され、すべての伽藍がととのい、今に至っている。