福応寺の開山は慶長六年（1601年）となっていましたが、最近見つかった古文書によりますと『天台宗の恵心僧都が開山した』と記されています。はっきりとした年代は記されておりませんが、平安時代中期の開山だったとされています。
恵心僧都（942年～1017年）は、全国を行脚し布教をされた、平安時代中期の天台宗の高僧です。また浄土真宗では七高祖のうち、第六祖とされ、源信（げんしん）和尚や源信大師と呼ばれています。恵心僧都により平安時代に開山された福応寺は、当時「頭眼山福應寺」という名前で、天台宗の寺院でした。
『ご本尊は慈覚大師（794年～864年・第三代天台座主）の作られた観世音である』
『その後、藤原安忠・森野叶右衛門に修復させたが、火災で燃えてしまい頭部のみが残っている』
と古文書に記されていましたが、残念ながら現在では何も残っていません。また、『山内には阿弥陀堂があり、本尊は恵心僧都作の無量寿仏であった』との記載もありました。こちらも『阿弥陀堂の古仏が売り払われた』『阿弥陀堂が火災で焼失した』と続いていましたが、現在は恵心僧都作の無量寿仏も阿弥陀堂も存在していません。

その後、『久しく荒れ果てていた福應寺と申す古跡に小さな庵があり、出家僧が一人安居のように住んで居た。その後は禅僧が来て入庵し、（本堂を）寛永十八年（1641年）に建立した』と記されています。この時代が禅宗・臨済宗としての慈眼山福応寺の始まり（1601年）だと考えられます。

また、当寺の本山である方広寺に残っている約200年前の資料によると、江戸幕府より一石一斗の朱印状を頂いていた、「朱印寺」であったとの記録もあります。